حكم إبراهيم باشا مصر طيلة 6 أشهر فقط، قبل أن يتمكن منه المرض وتوافيه المنيّة في نوفمبر 1848، فخلفه عبّاس حلمي ابن طوسون، في وقت كان محمد علي باشا يُعاني من المرض حدًا لا يمكنه أن يستوعب خبر وفاة ابنه إبراهيم، فلم يُبلّغ بذلك كما تقول بعض الروايات. وعاش بضعة شهور بعد وفاة ولده، الى ان حانت ساعته في قصر رأس التين بالإسكندرية في أغسطس عام 1849م، فنُقل جثمانه إلى القاهرة حيث دُفن في الجامع الذي كان قد بناه قبل زمن في قلعة الجبل.
وكانت جنازة محمد علي باشا معتدلة الحضور والمراسم، ويرجع ذلك بشكل كبير إلى الوالي عبّاس الاول الذي طالما اختلف في الآراء مع جدّه وعمّه إبراهيم، وكان يحمل لهما شيئًا من الضغينة. يقول القنصل البريطاني جون موراي، وهو من الأشخاص الذين شاركوا في تشييع محمد علي إلى مثواه الأخير: «... كان الحضور في الجنازة حضورًا هزيلاً غثًا؛ كثير من القناصل والسفراء لم يُدعوا للمشاركة، ولم تُغلق الحوانيت ولا الدوائر الحكومية.. باختصار، يسود انطباع عام مفاده أن عبّاس باشا هو الجدير باللوم، فقد قلّل من شأن جدّه وذكراه اللامعة، ولم يحترم ذكراه حق الاحتر