حيث أن اتفاقية الحكم الثنائي (19 يناير 1899) بين بريطانيا والخلافه العثمانيه قد سمحت برفع العلم البريطاني فوق السودان ومن نصوص الاتفاقية:
رفع العلم البريطاني على ألاراضي السودانية.
يكون الحاكم العام للسودان بريطانياً .
إلغاء الامتيازات الأجنبية في السودان.
وقد استمر الحكم الثنائي حتى 1 يناير 1956.
قال البعض إن تلك الإتفاقية استعماراً مصرياً بريطانياً للسودان ولكن المدقق في الأمر يجد إن مصر كانت محتلة ولا تملك من أمرها شيئاً وظهر هذا الأمر في الأمر البريطاني بإخراج الجيش المصري من السوادن بعد اغتيال السير لي ستاك حاكم عام السودان كما إن عودة الجيش المصري للسوادن كان طبقاً لإتفاقية الآستانة الموقعة بين بريطانيا والسلطان العثماني.
كذلك دخول مصر للسودان في المرة الأولى كان بأمر من الخليفة العثماني لواليه في مصر محمد علي باشا.
ما إن تمكنت القوات البريطانية المصرية بقيادة الجنرالين كتشنر وونجت من القضاء على دولة المهدية في معركتي كرري وأم دبيكرات في عام 1898 - 1899 حتى ظهرت قضية تحديد مستقبل السودان السياسي. فبريطانيا التي هيمنت آنذاك على شؤون مصر والسودان هيمنة فعلية، لم ترد ضم البلاد لممتلكاتها لأسباب متعددة، أهمها أن ذلك سيشكل عبئاً مالياً ثقيلاً على خزانتها. وكذلك لم ترد بريطانيا ضم السودان لممتلكات الإمبراطور العثماني على أن يحكمه خديوي مصر باسمه - كما كان الحال قبل انتصار الثورة المهدية في 1885 - لأسباب، أهمها أن ذلك سيحرم بريطانيا من السيطرة على السودان ذي الموقع الاستراتيجي الهام لأمن الإمبراطورية وسلامتها.
وفي الواقع إن بريطانيا أرادت أن تخلق في السودان نبتاً شيطانياً يمكنها من السيطرة الفعلية على شؤونه، على أن تتكفل مصر بتبعات ذلك الاحتلال المالي، مقابل منحها بعض الامتيازات الثانوية فيه. وقد تم ذلك من خلال اتفاقية الحكم الثنائي التي فرضتها بريطانيا على مصر، ووقعها اللورد كرومر - مهندس هذه الاتفاقية - وقنصل بريطانيا في مصر (1883 - 1905) وبطرس غالي وزير الخارجية المصري في 19 يناير 1899.
وبالرغم مما فيها من مآخذ اعترف بها كرومر نفسه،و شكلت هذه الاتفاقية، التي سميت اتفاقية الحكم الثنائي - آلية الإدارة الاستعمارية البريطانية في السودان طوال سيطرتها عليه لأكثر من خمسين عاماً.
ولعل أهم مواد هذه الاتفاقية - التي أقامت نظاماً لم يكن له مثيلٌ في القانون الدولي - أنها ركزت كل السلطات المدنية والعسكرية في يد ضابط بريطاني سمي الحاكم العام.
إذن فإن تسمية تلك الحقبة بـالعهد الثنائي الأنجليزي - المصري تسمية مبهمة وغير دقيقة، إذ أن بريطانيا كانت هي الحاكم الفعلي للبلاد طوال تلك الفترة التي تعرف الآن بالعهد الاستعماري الثاني للسودان، وبناءا عليه تم اغتيال السير لي ستاك حاكم عام السودان في شارع أبو الفداء بالقاهرة وتم إثر ذلك بداية الأزمة بين عناصر الجيوش المصرية البريطانيه، إذ قررت الثانيه مسؤلية الأولى في الحادث وترتب عليها إخراج الجيش المصري من السودان، مما زاد تعقد الوضع بتضامن عدد من الضباط السودانيين مع المصريين، واندلعت في البلاد ما سمي بثورة 24 بقيادة على عبد اللطيف آخرون حيث تم اخماد الثوره وقتل قادتها، وأسر على عبد اللطيف ثم نفيه الي مصر عام1925م, كما تم طرد عناصر الجيش المصري من السودان حيث أن دلت أزمة هذه الثوره الي ان الوجود المصري بالسودان لم يكن استعمارا مصريا بل احتلالا بريطانيا للسودان.